Nicht mehr, aber auch nicht weniger als ein Abenteuer namens Heimat": Der Schriftzug in der Eingangshalle des neuen Museums zitiert eine Rede, die der tschechische Staatspräsident Vaclav Havel im April 1997 im Deutschen Bundestag hielt. Eine Maxime, die das Museum in der Erinnerung an die Vergangenheit, aber auch in der Wertschätzung einer neu gefundenen Heimat umsetzt.

Der Entwurf des Gebäudes stattet die Suche nach einem Zuhause mit einer neuen Hülle aus und versucht, die Identität des Ortes entsprechend zu gestalten. Für den Neubau stand nur wenig Platz in einer recht heterogenen Lage zur Verfügung: eine Tankstelle und ein mehrstöckiges Hotelgebäude auf der anderen Straßenseite, ein zehn Meter steiler Hang zum Auer Mühlbach auf der anderen Seite und der Naturerlebnisraum der Isar im Süden.

Von der Straße aus betrachtet, folgt das Museum der Struktur der bestehenden Gebäude und nimmt deren Trauf- und Firsthöhen auf. Als letztes Gebäude einer Häuserzeile verleugnet es jedoch nicht seine Gravitas und bildet einen markanten, kubischen Abschluss nach Süden. Das Gebäude entwickelt sich - dem Gelände entsprechend - in seiner Ausdehnung am Hang zu einer lockeren Struktur. Schließlich öffnet es sich zum grünen Hang hin mit einem fünfgeschossigen Einschnitt, der sich über die gesamte Höhe des Gebäudes erstreckt.

Das neue Gebäude ist mit Natursteinen verkleidet und wirkt weitgehend geschlossen und monolithisch. Die Natursteine an den vertikalen Flächen wurden von Hand bearbeitet und weisen eine raue Oberfläche auf. Die Dachfläche wird als Teil des Monolithen verstanden und stellt eine fünfte Fassade des Gebäudes dar. Messingverkleidungen definieren die Einschnitte im Monolithen: Die horizontalen Fugen sind auf der Unterseite mit brüniertem Messing verkleidet; die vertikalen Flächen sind mit entsprechenden Wandverkleidungen versehen.

Wenn man sich von der Straße entfernt und den Hang hinuntergeht, gewinnen die Außenflächen an Dynamik und enden in einer fast spiralförmigen Bewegung um den Einschnitt im Monolithen. Diese Dynamik setzt sich in das Innere fort und führt zu Verformungen der Messingverkleidungen innerhalb des Einschnitts. Dieser fünfstöckige Einschnitt definiert einen Bezugspunkt für den Rundgang durch das Museum und fungiert gleichzeitig als verbindendes Element zwischen dem Innen- und dem Außenbereich.

Trotz der engen Bebauung wurde ein ununterbrochener und kontinuierlicher Rundgang durch das Museum erreicht. Der Museumsbesucher betritt das Museum über den Innenhof und erreicht das Foyer auf Straßenniveau. Von dort aus fahren sie mit dem zentralen Aufzug in das oberste Stockwerk, wo die Ausstellung beginnt. Über den Baumwipfeln gelegen, bietet sich von hier aus ein Blick auf die Münchner Innenstadt und die Museumsinsel. Über eine Freitreppe führt der Weg der Besucher nach unten durch fünf Ausstellungsbereiche. Der Rundgang endet auf Straßenniveau, wo die Besucher am Foyer vorbeigeführt werden, ohne andere, neu ankommende Besucher zu stören. Das Museumscafé, der Ausgang und die Übergänge zu den ergänzenden Institutionen in den Nachbargebäuden befinden sich auf der Hangseite des Museums. Hier können die Besucher das Museum über die Außenterrasse verlassen oder über eine Innentreppe zurück in die Eingangshalle gelangen.

Das Freigelände verbindet die darunter liegende Straßenebene am Lilienberg mit der Hochstraße durch eine Abfolge von Treppenanlagen. Über diese Stiegen kann sowohl das Museumscafé als auch der Haupteingang erreicht werden. Außerdem verbinden sie das Museum mit den öffentlichen Geh- und Radwegen entlang der Isar.